在东京市千代田区一条街的某东别墅里，小智坐在阳台沙发上，遥望着夜晚的美丽景色。
自从特殊副本开启后，小智就在十分钟后，被系统强制性的穿越到了这个叫做名侦探柯南的副本里。
在小智穿越的那一刻，神奇宝贝世界的时间，仿佛被冻结了一样，所有的生命全都静止了起来，就连沉睡中的阿尔宙斯也是一样。
名侦探柯南，小智在前世的时候看过一点，也知道一些剧情，只是没有追的那么细，主要的内容就是一个叫做工藤新一的高中生，在关东地区被称作平成年代的福尔摩斯，号称没有他破不了的案子。
后来在一次和青梅竹马在游乐园乘坐云霄飞车的时候，发现了两个行动诡异的黑衣男子，于是便甩开青梅竹马的毛利兰追了上去，不料却被对方发现。
在被打昏的那一刻，被黑衣男子灌下了一种叫做aptx4869的神秘毒药，然而工藤新一在被灌下毒药后，并没有因此而死，反而因为毒药的副作用，让身体返回到了小孩的状态。
为了不使周围的人受到牵连，他便化作江户川柯南，寄住在青梅竹马的毛利兰家里，利用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利兰的父亲毛利小五郎沉睡，接着用蝴蝶结变声器模仿毛利小五郎的声音进行推理。
在利用侦探毛利小五郎解决各种案件的同时，江户川柯南也在调查着让他身体变小的黑衣人。
这些就是名侦探柯南的大概剧情，小智穿越的时间点是剧情开始的前三年，这点小智已经在系统哪里确认过了。
而且小智还发现，他的实力受到了极大的限制，各种忍术无法使用，神之眼被封印，只留下了三勾玉写轮眼，体术拥有上忍的等级。
好在这个世界的武力值并不是很高，凭借小智如今的能力，依旧可以在这里肆无忌惮。
在穿越后，小智替代了原本在这个世界的分身，名字依旧是叫御木叶智，从孤儿院出来的，这点让小智很是无语，貌似每次穿越取代的分身都是孤儿。
因为知道这个世界的主线是破案，所以小智开了一家御木侦探事务所，专门处理各种案件，三年里，小智破过的案件有很多，知名度也相当的大。
在关东地区也算是小有名气了，知名度和工藤新一差不多，都是被称为现代破案率最高的侦探，只不过比起工藤新一，选择小智的人要更多。
毕竟小智的侦探事务所是正规的，大部分的人选择侦探破案的话，自然会选择小智的正规事务所，而工藤新一主要是帮助警方破案，所以才会被记者挖掘出来。
三年中，小智也曾帮助过警方破过几起大案，所以在警方眼里，小智是他们的合作者，每次破案是有侦探费的。
小智居住的地方和阿笠博士还有工藤新一的家是一条街上的，所以平时也能见上一两次，只不过小智从未接触过工藤新一，哪怕他是这个世界的主角。
对于工藤新一这个人，小智并不喜欢，但也不算讨厌，只是他和工藤新一的善恶观念或许有所不同。
在工藤新一的眼里，只要是犯罪者，就都要被法律制裁，而在小智的眼里，犯罪者也分好坏，主要还是根据他们的动机是否值得原谅，而这也是小智和工藤新一完全不一样的地方。
所以小智和柯南注定会处在对立面，而这个对立的程度，就要看双方怎么应对各自的布局了。
就在小智观赏夜景的时候，天空却不作美的下起了小雨，好在小智家的阳台是有遮雨棚的，不然可就没办法继续观赏这么美丽的景色了。
“应该快了吧。”看到下起小雨后，小智便朝着他家阳台的一条街看去，根据系统的计算，今晚是剧情开始的时候。
果然，没过多久，一个小孩穿着与身材不符的衣服，朝着一栋房子飞奔而去，这个小孩就是工藤新一被黑衣人灌下药物之后，因为副作用而变小的江户川柯南。
“哼，就让我看看你能给我带来多少乐趣吧，工藤~不，现在应该称呼你为，江户川柯南了。”看着那名小孩跟着大胖子阿笠博士进入了房子，小智顿时冷笑一声放下了手中的咖啡杯，回到了家中。
第二天晚上，小智接到了一个案子，一名大富豪的女儿被绑架了，希望小智能够出面找出来，看到这个案子，小智就想到了昨晚看到过的柯南。
这个副本的部分剧情，小智还是勉强能够记得，这个案子好像正好是工藤新一变成柯南之后第一个侦破的案件。
想到这里，小智受理了这个案件，并且立刻开着车朝着和雇主约定的地方赶去。
某东豪宅内，小智坐在了雇主的面前，一旁的还有同样被雇佣而来的毛利小五郎以及他的女儿毛利兰，还有昨晚看到过的柯南。
“被绑架的小孩，是我的女儿谷晶子，今年只有十岁，我的管家麻生曾经亲眼看到过犯人。”
“今日请两位侦探前来，就是希望能够帮助我找回我的女儿，侦探费方面请不用担心，只要能够找回我的女儿，我都会给你们奉上一大笔的侦探费。”
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